庙底沟类型彩陶的纹饰以点、线、面为基本元素，通过连续、反复、对称、共用等构图方式，组合成多种母题纹样。纹饰内容通过彩绘之间的留白来表现，分别称为“阳纹”和“阴纹”。其中，阳纹是用色彩在陶器上直接描绘的纹饰；阴纹也称地纹，是以阳纹为底衬，通过露出来的陶器底色形成的纹饰。

考古学家苏秉琦先生认为，庙底沟彩陶的花卉纹以菊科和蔷薇科的花瓣为母体，可能与“中华”“华山”和“华夏”的得名有着密切的关系。考古学家严文明先生曾经提出中国史前文明的“重瓣花朵”格局，这一格局形成于庙底沟时代，豫晋陕交界一带就是“花心”。